本系位於台大校總區舟山路旁管理學院大樓對面，擁有典雅的建築、幽靜的環境與寬闊的視野。紅白相間高大的測風鐵塔，青翠寬廣的觀測坪，以及聳立屋頂的探空儀圓型天線，均為本系特有的環境景觀。
本系現有A、B 及C館三棟建築，

A館為日據時代留下來的舊館，

B館為民國64年所建造，C館為原子能委員會大樓的第二、三層。目前A館主要規劃為實驗室；B館為教師研究室及教室；

C館的二樓有圖書室及電腦室，C館三樓則為系學會辦公室、研究所學生的研究室與教室所在，此外設有自修室、研討室，提供學生課餘研究讀書，讓學生們有溫馨舒適的學習環境。